1978年至今，高能所共獲獎200余項，其中國家自然科學獎二等獎和科技進步獎二等獎以上共21項。

　　國家最高科學技術獎1項 

　　謝家麟獲2011年度國家最高科學技術獎

　　國家科技進步特等獎2項 

　　◇ 北京正負電子對撞機（1990年）

　　◇ “繞月探測工程”任務（2010年，主要完成單位，排名第30）

　　國家科技進步一等獎3項 

　　◇ 北京質子直線加速器（1991年）

　　◇ 上海光源國家重大科學工程（2013年度，重大工程類，排名第2）

　　◇ 北京正負電子對撞機重大改造工程（2016年）

　　國家自然科學一等獎2項 

　　◇ 反西格瑪負超子的發(fā)現(xiàn)（1982年）

　　◇ 大亞灣反應堆中微子實驗發(fā)現(xiàn)的中微子振蕩新模式（2016年）

　　國家科技進步二等獎5項 

　　◇ 中國科學院萬立方米級高空科學氣球技術系統(tǒng)（1985年）

　　◇ 北京自由電子激光裝置（1995年）

　　◇ 若干計算機網絡安全關鍵技術研究及產品開發(fā)（2000年）

　　◇ 阿爾法磁譜儀（AMS）永磁體系統(tǒng)（2000年）

　　◇ 寬波段空間伽馬射線暴觀測研究及儀器研制（2004年）

　　國家自然科學二等獎7項 

　　◇ 層子模型（1982年）

　　◇ 北京譜儀－τ輕子質量的精確測量（1995年）

　　◇ ψ（2S）衰變及次生粲夸克偶素物理的實驗研究（2001年）

　　◇ 2－5Gev能區(qū)正負電子湮沒產生強子反應截面（R值）的精確測量（2004年）

　　◇ BESII DD-bar 閾上粒子ψ(3770)非DD-bar衰變的發(fā)現(xiàn)和D物理研究（2010年）

　　◇ 納米材料的安全性研究（2012年）

　　◇ BESII實驗發(fā)現(xiàn)新粒子（2013年）

    ◇ 納米材料蛋白冠的化學生物學特性及其機制（2018年，第二完成單位）

　　國家技術發(fā)明獎二等獎1項 

　　◇ 同步輻射軟X射線多層膜反射率計裝置及其應用 （2000年）